Theo đó, đối tượng áp dụng của Thông tư này là: cơ quan đại diện chủ sở hữu nhà ở thuộc sở hữu nhà nước quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 39 Nghị định số 99/2015/NĐ-CP; Cơ quan quản lý nhà ở thuộc sở hữu nhà nước quy định tại khoản 3 Điều 39 Nghị định số 99/2015/NĐ-CP; Đơn vị quản lý vận hành nhà ở thuộc sở hữu nhà nước có chức năng và năng lực về quản lý, vận hành nhà ở quy định tại khoản 4 Điều 39 Nghị định số 99/2015/NĐ-CP, gồm: đơn vị sự nghiệp công lập; doanh nghiệp; đơn vị, tổ chức quản lý vận hành nhà ở khác theo quy định của pháp luật về nhà ở (sau đây gọi là đơn vị quản lý vận hành nhà ở) và Các cơ quan, đơn vị, cá nhân khác có liên quan.
Cũng theo Thông tư này, đơn vị quản lý vận hành nhà ở có trách nhiệm thu và nộp số tiền thu được từ cho thuê, thuê mua và bán nhà ở thuộc sở hữu nhà nước hoặc hướng dẫn người thuê, thuê mua, mua nhà ở nộp trực tiếp vào tài khoản tạm giữ mở tại Kho bạc Nhà nước do cơ quan quản lý nhà ở làm chủ tài khoản trước ngày 30 hàng tháng.
Chủ tài khoản tạm giữ là cơ quan quản lý nhà ở quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư này có trách nhiệm thanh toán các khoản chi phí quy định tại Điều 5 Thông tư này theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt cho đơn vị quản lý vận hành nhà ở.
Hàng năm đơn vị quản lý vận hành nhà ở có trách nhiệm lập dự toán, quyết toán các khoản thu, chi và trình duyệt theo quy định của pháp luật ngân sách Nhà nước.
Tiền thu được từ việc cho thuê nhà ở thuộc sở hữu Nhà nước được sử dụng: chi cho bảo trì nhà ở thuộc sở hữu nhà nước đang cho thuê; chi thanh toán các khoản chi quản lý vận hành nhà ở thuộc sở hữu nhà nước đang cho thuê.
Tiền thu được từ việc cho thuê mua, bán nhà ở thuộc sở hữu nhà nước sau khi khấu trừ các chi phí để tổ chức thực hiện việc cho thuê mua, bán nhà ở, bên bán, cho thuê mua nhà ở phải nộp vào ngân sách nhà nước theo phân cấp ngân sách hiện hành. Hàng năm các khoản chi quy định tại điểm a và điểm b khoản 1 và khoản 2 Điều 11 Thông tư này được thực hiện quyết toán, số tiền còn lại nộp vào ngân sách nhà nước theo phân cấp theo quy định của pháp luật về ngân sách.
Trường hợp thuê nhà ở thương mại để làm nhà ở công vụ theo quy định tại Điều 25 và điểm b khoản 2 Điều 51 Nghị định số 99/2015/NĐ-CP mà tiền thuê nhà ở thương mại cao hơn số tiền thuê do người thuê phải trả thì người thuê phải trả tiền thuê nhà không vượt quá 10% tiền lương đang được hưởng tại thời điểm thuê nhà ở công vụ; thủ tục thanh toán phần chênh lệch còn lại được thực hiện như sau:
Căn cứ quyết định về việc thuê nhà ở thương mại để làm nhà ở công vụ của cấp có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 25 của Nghị định số 99/2015/NĐ-CP cơ quan quản lý cán bộ đủ tiêu chuẩn thuê nhà ở công vụ có văn bản gửi cơ quan quản lý nhà ở công vụ để xác định số tiền thuê nhà ở công vụ phải trả và xác định phần chênh lệch giữa số tiền thuê nhà ở thương mại làm nhà ở công vụ và số tiền người thuê nhà phải trả, số tiền ngân sách nhà nước chi trả cho phần chênh lệch theo quy định để xây dựng và đưa vào dự toán chi tiêu hàng năm của đơn vị. Căn cứ dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt, cơ quan quản lý cán bộ thuê nhà ở công vụ thực hiện chi trả phần tiền chênh lệch này hàng tháng phù hợp với thời điểm Nhà nước thanh toán tiền lương theo quy định và thực hiện quyết toán số tiền này cùng với quyết toán chung của đơn vị.
Số tiền thu được từ cho thuê nhà ở công vụ được nộp vào tài khoản tạm giữ mở tại Kho bạc Nhà nước do cơ quan quản lý nhà ở làm chủ tài khoản trước ngày 30 hàng tháng.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 19 tháng 9 năm 2016.